এই নিবন্ধটি মূলত এপ্রিল 2014 সালে islamandevolution.com এ প্রকাশিত হয়েছিল।

বিবর্তনবাদীরা সাধারণ বংশের সমর্থনে বেশ কিছু বৈজ্ঞানিক প্রমাণ পেশ করেন। আরও বিশিষ্ট যুক্তিগুলির মধ্যে একটি, একটি যুক্তি যা সাধারণ কথোপকথনে ব্যাপকভাবে পরিসংখ্যান দেয় এবং জনসচেতনতা বড় হয়, নিম্নরূপ: যখন আমরা প্রাণীজগত এবং জীবজগতকে আরও বিস্তৃতভাবে দেখি, তখন আমরা দেখতে পাই যে অন্যথায় স্বতন্ত্র ফেনোটাইপ (অর্থাৎ, স্বতন্ত্র বৈশিষ্ট্য) সহ প্রজাতির মধ্যে “আশ্চর্যজনক জেনেটিক মিল” রয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, প্রতিটি জীবের বাহ্যিক বৈশিষ্ট্যে বড় পার্থক্য থাকা সত্ত্বেও, শিম্পাঞ্জি এবং মানুষের জিনোমগুলি প্রায়  99% অভিন্ন (বা ৯৮% ,  96% , ৯৪%  গবেষণা অধ্যয়নের উপর নির্ভর করে)।1 2 3 4

জনপ্রিয় বিজ্ঞানীরা, যেমন রিচার্ড ডকিন্স , প্রায়শই সাধারণ বংশোদ্ভূত সম্পর্কে আরও যুক্তির জন্য এবং মানব ব্যতিক্রমীতার ধারণার বিরোধিতা করার জন্য মানব-শিম্পের জিনগত মিলের দাবি করেন।5

যা প্রায়শই অ-বিশেষজ্ঞ জনসাধারণের কাছে উপস্থাপিত না থাকে তা হল এই “স্ট্রাইকিং” এর বিশদ এবং স্বাতন্ত্র্যসূচক প্রকৃতির জিনগত সাদৃশ্য যা প্রায়শই পাবলিক বুদ্ধিজীবীরা এবং বৈজ্ঞানিক রিপোর্টিং একইভাবে বলে থাকেন৷6

বৈজ্ঞানিক সাহিত্যের উপর ঘনিষ্ঠভাবে নজর দেওয়া আরও তথ্য প্রদান করে যা এই সাদৃশ্য দাবিগুলিকে যথাযথ প্রসঙ্গে রাখে। যা স্পষ্ট তা হল 99% সাদৃশ্যের উপসংহারটি একটি অতি সরলীকরণ, এবং বৈজ্ঞানিক উপসংহার টানা অনেক বেশি সতর্ক এবং সাধারণ বংশের তুলনায় অনেক কম সংজ্ঞায়িত হয় যা প্রায়শই পাবলিক বক্তৃতায় অনুমান করা হয়।

সূচিপত্র

Toggle

“জনপ্রিয়” বিজ্ঞান

যখন কেউ প্রথম জেনেটিক সাদৃশ্যের যুক্তি শুনতে পায়, তখন তাদের দ্বারা সম্পূর্ণরূপে গ্রহণ না করা কঠিন। কেউ কিভাবে 99% এর সাথে তর্ক করতে পারে? প্রকৃতপক্ষে সাহিত্যে প্রবেশ করার পরে, কেউ দ্রুত বুঝতে পারে যে সমস্যাটি ততটা সোজা নয়। উদাহরণস্বরূপ, ক্রিস মোরান, সিডনি বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রাণী জেনেটিক্সের অধ্যাপক, মন্তব্য করেছেন:

“আপনি কি তুলনা করছেন তার উপর নির্ভর করে আপনি বলতে পারেন ‘হ্যাঁ, একটি খুব উচ্চ মাত্রার সাদৃশ্য রয়েছে, উদাহরণস্বরূপ, একজন মানুষ এবং একটি শূকর প্রোটিন কোডিং সিকোয়েন্সের মধ্যে’, কিন্তু আপনি যদি জিনোমের অনুরূপ অবস্থান থেকে দ্রুত বিকশিত নন-কোডিং সিকোয়েন্সের তুলনা করেন, তাহলে আপনি কোনো মিল চিনতে পারবেন না। খুব অর্থপূর্ণ নয়।” 7

দুর্ভাগ্যবশত, অনেকেই যা বুঝতে ব্যর্থ হন তা হল বৈজ্ঞানিক সাহিত্যে যা পাওয়া যায় এবং সাধারণ জনগণের কাছে যা রিপোর্ট করা হয় তা কখনও কখনও বিশ্ব থেকে আলাদা, বিশেষ করে যখন সমস্যাটি মানুষের উৎপত্তির মতো আদর্শগতভাবে অভিযুক্ত হয়। জটিল বৈজ্ঞানিক কাজ সাউন্ডবাইটে ভরে খাওয়ার জন্য পাতিত হয়। এটি নিজেই একটি সমস্যা নয়, তবে যখন সেই ফিল্টারিং প্রক্রিয়াটিকে একটি আদর্শিক বর্ণনা দ্বারা ঢালাই করা হয় যেমন “ঠান্ডা, কঠিন বিজ্ঞান বনাম অযৌক্তিক বাইবেল থাম্পিং” তখনই সরলীকরণগুলি পুনরায় পরীক্ষা করা উচিত।

সেই কথা মাথায় রেখে বৈজ্ঞানিক সাহিত্যের কী বলার আছে?

আমরা যা পাব তা হল দুটি জিনোমের তুলনা করা তুচ্ছ কাজ থেকে অনেক দূরে। বিশেষত, এই বিষয়ে প্রধান কাগজপত্রের একটি পর্যালোচনা প্রকাশ করে:

  1. এরা সকলেই অনুমান করে সাধারণ বংশদ্ভুতকে স্বতঃসিদ্ধ এবং প্রশ্নের বাইরে। অন্য কথায়, মানব-শিম্পের জিনগত সাদৃশ্য নিয়ে গবেষণা করা জিনতত্ত্ববিদদের কেউই দুটি জিনোমের মধ্যে মিলিত নিউক্লিওটাইডের মিলের মাধ্যমে সাধারণ বংশের জন্য পদ্ধতিগত যুক্তি প্রমাণ করার চেষ্টা করছেন না। এটি জনপ্রিয় ধারণার বিপরীত যে 99% সাদৃশ্য একটি যুক্তি, নিজের মধ্যেই, সাধারণ বংশের জন্য।

  2. সামগ্রিক শতাংশের মিল নির্ণয় করার জন্য কোন গবেষণা গবেষণায় 100% মানুষের এবং শিম্প জিনোমের তুলনা করার চেষ্টা করা হয়নি। প্রতিটি গবেষণা জিনোমের উপধারার সাথে তার তুলনাকে সীমাবদ্ধ করে, এবং কিছু গবেষণায়, ল্যান্ডমার্ক সহ 1975 কাগজ যেটি প্রথমে দাবি করেছিল যে 99% মিল খুঁজে পাওয়া গেছে, তুলনা করা অঞ্চলগুলি মোট জিনের 2%-8 এর কম।

  3. কোন একক সম্মত বা বহুল ব্যবহৃত মেট্রিক নেই যার দ্বারা দুটি জিনোমের মিল পরিমাপ করা যায়। প্রকৃতপক্ষে, বিষয়ের প্রতিটি কাগজ প্রাসঙ্গিক ডেটা নির্বাচন এবং পার্স করার জন্য একটি ভিন্ন পদ্ধতি এবং বিভিন্ন পরামিতি ব্যবহার করে।

  4. 99% মিল নির্ণয় করার জন্য প্রধান শিম্প-মানব জিনোম গবেষণা পত্রের অনেকগুলি মূল অনুমান ভুল প্রমাণিত হয়েছে।

তুলনামূলক মেট্রিক্স

99% ল্যাব ইঁদুরের জিনের সরাসরি মানুষের প্রতিরূপ রয়েছে, এবং ৮০% মানুষের জিন এর সাথে ওভারল্যাপ করে ইঁদুর। [মানুষ-বিড়ালের জিনের 90% মিল, এবং 94% কুকুর-বিড়ালের জিন মেলে।](http://genome.cshlp.org/content/100112%16/content মানুষ এবং ফলের মাছির মধ্যে ওভারল্যাপ](https://www.genome.gov/11509542) জিন এবং মানুষ এবং খামির জিনের মধ্যে 31% ওভারল্যাপ। 9 10 11 12

99% হিউম্যান-শিম্প জিনোমের মিল কি কম চিত্তাকর্ষক এই সত্যের আলোকে যে গৃহপালিত বিড়ালরা তাদের জিনের 90% মানুষের সাথে ভাগ করে এবং খামিরের 30% এর বেশি জিন আমাদের সাথে ভাগ করে নেয় ইত্যাদি? এই বিভিন্ন পরিমাণগত তুলনা আমাদের কি করা উচিত?

বাস্তবে, রেফারেন্সের জন্য অভিন্ন মেট্রিক ছাড়া এই শতাংশগুলি বোঝা কঠিন। দুর্ভাগ্যবশত, জৈবিক বিজ্ঞান একটি প্রদান করে না।

আমাদের অবশ্যই মনে রাখতে হবে যে, 2014 সাল পর্যন্ত, জিন সিকোয়েন্সিং যা এই ধরণের তুলনা করার অনুমতি দেয় তা শুধুমাত্র সীমিত সংখ্যক জীবের (বিড়াল, কুকুর, ইঁদুর, ইঁদুর, গরু, বেশ কয়েকটি বড় বনমানুষ, ফল-মাছি, খামির, নির্দিষ্ট ব্যাকটেরিয়া ইত্যাদি) জন্য করা হয়েছে এবং তারপরেও খুব কম সংখ্যক জিনোম ছিল। সম্পূর্ণভাবে sequenced .14 15 যাদের জন্য, সম্পূর্ণভাবে মানুষের সাথে তুলনা করা হয়েছে মাত্র কয়েকটি ক্রমানুসারে। মহান বানর সুতরাং, বিবর্তনবাদী জীববিজ্ঞানীরা কোন শক্তিশালী বা সঠিক পরিসরের মিল দিতে পারেন না, উদাহরণস্বরূপ, সমস্ত স্তন্যপায়ী প্রাণী, বা স্তন্যপায়ী বনাম সরীসৃপ বনাম মাছ, বা মেরুদন্ডী বনাম অমেরুদণ্ডী প্রাণী, বা উদ্ভিদ বনাম প্রাণী ইত্যাদি। এটি গুরুত্বপূর্ণ কারণ, যদি সমস্ত মেরুদন্ডী বা সমস্ত মেরুদন্ডী 98%-9 %-9 মিমি রেঞ্জের মধ্যে পড়ে একে অপরের কাছে? যদি আমরা সেই পরিসরটি জানতাম, তাহলে আমরা সত্যিকারের তুলনামূলক বিবৃতি দিতে পারতাম, যেমন, চিম্প-মানব জিন ওভারল্যাপ, বলুন, অন্য দুটি স্তন্যপায়ী প্রজাতির মধ্যে ওভারল্যাপের গড় ডিগ্রির চেয়ে 50% বেশি।

এখানে যুক্তি হল যে শারীরবৃত্তীয়ভাবে একই রকম জীবের মধ্যে উচ্চ মাত্রার জিন ওভারল্যাপ আমাদের উচিত করা উচিত। এর কারণ হল, সবচেয়ে মৌলিক অর্থে, একটি জীবের ফিনোটাইপ কেবল তার জিনোটাইপের একটি অভিব্যক্তি। অতএব, ফিনোটাইপগুলির মধ্যে মিলগুলি অন্তত কিছু ডিগ্রীতে জিনোটাইপের মিলগুলিতে অনুবাদ করা উচিত। উদাহরণস্বরূপ, বিড়াল, কুকুর, শিম্পা, ইঁদুর এবং মানুষের সকলেরই একই রকম সঞ্চালন ব্যবস্থা, গ্যাস্ট্রোইনটেস্টাইনাল সিস্টেম, শ্বাসযন্ত্র, প্রজনন সিস্টেম, ইমিউন সিস্টেম, বিপাকীয় সিস্টেম এবং তালিকার অন্যান্য অনেক সমান্তরাল রয়েছে। এই প্রদত্ত, দুই বা ততোধিক জীবের মধ্যে আমরা যে সমস্ত প্রধান ফেনোটাইপিক সমান্তরাল পর্যবেক্ষণ করি তার কারণে আমাদের জিনোটাইপের কত শতাংশ ওভারল্যাপ হওয়ার আশা করা উচিত? একটি মোটামুটি বেঞ্চমার্ক হিসাবে, শুধু দেখুন মানুষ এবং ফলের মাছিগুলি কতটা ভিন্ন ভিন্ন, তবুও আমাদের জিনগুলির 60% ওভারল্যাপ!

একটি সাধারণ উপমা হিসাবে, আমরা খুব অবিশ্বাস্য হব না যদি দাবি করা হয় যে একটি Apple iPhone এবং একটি Samsung Galaxy-এর প্রযুক্তি 99% একই রকম৷ তারা উভয়ই একই ধরনের কার্যকারিতা সহ একই আকারের স্মার্টফোন: কল করা, ইন্টারনেটে সংযোগ করা, অ্যাপ্লিকেশন সমর্থন করা। উচ্চ মাত্রার ওভারল্যাপ হতে চলেছে কারণ এই ফাংশনগুলির জন্য মূলত একই হার্ডওয়্যারের প্রয়োজন হয়: মাইক্রোপ্রসেসর, ওয়াইফাই মডিউল, ক্যামেরা, টাচস্ক্রিন, মাইক, স্পিকার ইত্যাদি।

সুতরাং, আইফোন এবং গ্যালাক্সি 99% শতাংশ সমান বলে দাবি করার অর্থ খুব বেশি নয়, বিশেষ করে যদি এটি দেখা যায় যে একটি আইফোন এবং একটি রুটি প্রস্তুতকারক 60% সমান। কিন্তু যদি দাবি করা হয় যে iPhone এবং Galaxy যেকোন দুটি স্মার্টফোনের মধ্যে গড় মিলের তুলনায় 50% বেশি মিল, তাহলে তা উল্লেখযোগ্য এবং অস্পষ্ট কিছু বোঝাবে, যেমন, Apple বা Samsung হয় অন্যের ফোন ডিজাইন চুরি করছে।

অন্য কথায়, যখন মানব-শিম্পের মিলের কথা আসে, তখন 99% কি শিম্প এবং মানুষের মধ্যে সম্পর্কের বিষয়ে উল্লেখযোগ্য কিছু নির্দেশ করে * নাকি 99% কেবলমাত্র সেই চিত্রটি নির্ধারণ করতে গবেষকরা যে তুলনামূলক প্রকল্প বেছে নিয়েছেন তার বিবরণের উপর নির্ভর করে*? এই প্রশ্নটি বিশেষত গুরুত্বপূর্ণ জটিল এবং ইনপুট-সংবেদনশীল অ্যালগরিদমিক পদ্ধতির কারণে যা আসলে দুটি ডিএনএ সিকোয়েন্সের তুলনা করতে ব্যবহৃত হয়।

শেষ পর্যন্ত, জেনেটিক্স এবং জৈবিক বিজ্ঞান সাধারণত দুটি জিনোমের সাদৃশ্য পরিমাপ করার জন্য একটি উদ্দেশ্যমূলক মাপকাঠি সরবরাহ করে না এবং সাধারণভাবে, দুটি বহুমাত্রিক বস্তুর মধ্যে শতাংশের মিল দেওয়ার কোনো সহজ বা আদর্শ উপায় নেই। উদাহরণস্বরূপ, একটি আপেল এবং একটি কমলার মধ্যে শতকরা মিল কত? ঠিক আছে, এই দুটির তুলনা করার অগণিত উপায় রয়েছে, উদাহরণ স্বরূপ, আমরা অন্যান্য ফলগুলিকে একে অপরের সাথে কতটা মিল বলে মনে করি তার বিপরীতে একটি অর্থপূর্ণ উত্তর নির্ধারণ করতে হবে।

সব মিলিয়ে, তুলনামূলক ডেটা স্বাভাবিক করার জন্য রেফারেন্সের ফ্রেমের অভাব 99% সাদৃশ্য ফ্যাক্টয়েডকে অর্থহীন করে তোলে।

একাধিক বিখ্যাত গবেষণা জিনতত্ত্ববিদ Science’s এ উদ্ধৃত করেছেন, “1% এর মিথ”, এই আপাতদৃষ্টিতে কঠোর মূল্যায়নে একমত:

“গবেষকরা খুঁজে পাচ্ছেন যে 1% পার্থক্যের উপরে, অনুপস্থিত ডিএনএ, অতিরিক্ত জিন, জিন নেটওয়ার্কে পরিবর্তিত সংযোগ এবং ক্রোমোজোমের গঠনই ‘মানবতা’ বনাম ‘শিম্পনেস’ এর যে কোনও পরিমাণকে বিভ্রান্ত করে।

“দুটি জটিল জীবের মধ্যে জেনেটিক দূরত্ব প্রকাশ করার একক উপায় নেই।”

“গবেষকরা কি জানা সমস্ত কিছু একত্রিত করতে এবং মানুষ এবং শিম্পাঞ্জির মধ্যে একটি সুনির্দিষ্ট শতাংশ পার্থক্য নিয়ে আসতে পারে? ’আমি মনে করি না একটি সংখ্যা গণনা করার কোনো উপায় আছে,” বলেছেন জিনতত্ত্ববিদ সভান্তে পাবো, ম্যাক্স প্ল্যাঙ্ক ইনস্টিটিউট ফর ইভোল্যুশনারি অ্যানথ্রোপলজি, জার্মানির সাংস্কৃতিক এবং রাজনৈতিক ‘এন্ড সামাজিক’-এ ভিত্তিক চিম্প কনসোর্টিয়াম সদস্য৷ আমরা আমাদের পার্থক্যগুলিকে কীভাবে দেখি সে সম্পর্কে।’”16

উল্লেখযোগ্য ভিন্নতা

শিম্পাঞ্জি এবং মানুষের ওয়াই ক্রোমোজোমগুলি গঠন এবং জিনের বিষয়বস্তুর মধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে ভিন্ন।17

এটি একটি বিশিষ্ট 2010 গবেষণা পত্রের শিরোনাম যা মানব-শিম্প জেনেটিক তুলনাতে আরেকটি মাত্রা যোগ করে। Hughes, et al., দেখেছেন যে শিম্পাঞ্জির Y-ক্রোমোজোমে মাত্র 47% প্রোটিন-কোডিং উপাদান রয়েছে এবং মানুষের Y-ক্রোমোজোমের মতো স্বতন্ত্র জিন মাত্র দুই-তৃতীয়াংশ রয়েছে। এছাড়াও, 30% এরও বেশি শিম্প ওয়াই-ক্রোমোজোমে মানুষের Y-ক্রোমোজোমের প্রতিরূপের অভাব রয়েছে এবং এর বিপরীতে। কাগজের একটি অংশে, লেখক এমনকি বলেছেন:

“শিম্পাঞ্জি এবং মানুষের মধ্যে MSY জিনের সামগ্রীর পার্থক্য মুরগি এবং মানুষের মধ্যে অটোসোমাল জিনের সামগ্রীর পার্থক্যের সাথে তুলনামূলক বেশি।”

যা সত্যই বলা যায় তা হল যে হিউজ, এট আল., তাদের সারিবদ্ধকরণ কৌশলগুলিকে বেঞ্চমার্ক করার জন্য অন্যান্য গবেষণার ডিএনএ তুলনা পুনরায় তৈরি করেছেন।

“প্রত্যাশিত হিসাবে, আমরা দেখেছি যে অর্থোলগাস শিম্পাঞ্জি এবং মানব MSY সিকোয়েন্সের মধ্যে সাদৃশ্যের মাত্রা (98.3% নিউক্লিওটাইড পরিচয়) বাকি শিম্পাঞ্জি এবং মানব জিনোমের (98.8%) তুলনা করার সময় রিপোর্ট করা থেকে সামান্যই আলাদা।”

এর মানে হল যে Y-ক্রোমোজোমে 98% অনুক্রমের সাদৃশ্য থাকা সত্ত্বেও “উল্লেখযোগ্য ভিন্নতা” বিদ্যমান, যা বোঝায় যে বাকি জিনোমেও বড় বৈষম্য থাকতে পারে যদিও সিকোয়েন্সের মিল 99%, 98% বা 95% হিসাবে নির্ধারিত হয়।

জিনতত্ত্ববিদরা মানব এবং মহান এপ জেনেটিক সিকোয়েন্সের মধ্যে ভিন্নতার প্রথম উদাহরণ নয়। [1998 সাল পর্যন্ত] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9745049) .18 ক্রোমোজোম [4, 9, 12](http://www.sciencemag.org/content/281,23/23/5, এবং 23/23) বিশেষ এছাড়াও পাওয়া গেছে ধারণ করা আছে “বড়, অ-এলোমেলো পার্থক্যের অঞ্চল।“19 20 মজার বিষয় হল, এই অসঙ্গতিগুলি সাধারণত অনুসন্ধান করা হয় এবং গবেষণায় জোর দেওয়া হয় যে জিনগত রহস্য আবিষ্কার করতে চাওয়া হয় “মানুষত্বিকভাবে আমাদের চরিত্রকে বিরুদ্ধ করে তোলে”।

ফাইলোজেনেটিক্সেও অসঙ্গতির উপর জোর দেওয়া হয়, যেমন, বিবর্তনীয় গাছের সাথে বিভিন্ন জীব কীভাবে সম্পর্কিত তা নির্ধারণ করতে ব্যবহৃত জেনেটিক বিশ্লেষণ। উদাহরণস্বরূপ, 2007 সালে Ebersberger, et al., দাবি:

“আমাদের প্রায় 23% জিনোমের জন্য, আমরা আমাদের নিকটতম জীবিত আত্মীয় শিম্পাঞ্জির সাথে তাৎক্ষণিক কোনো জেনেটিক বংশ পরিচয় করি না।

“এইভাবে, দুই-তৃতীয়াংশ ক্ষেত্রে একটি বংশগতির ফলাফল হয় যেখানে মানুষ এবং শিম্পাঞ্জি একে অপরের নিকটতম জেনেটিক আত্মীয় নয়। সংশ্লিষ্ট বংশবৃত্তান্তগুলি প্রজাতির গাছের সাথে অসঙ্গতিপূর্ণ। পরীক্ষামূলক প্রমাণ অনুসারে, এটি বোঝায় যে মানব ইতিহাসের অনন্য বিবর্তনের মতো কোনও জিনিস নেই। পৃথক অঞ্চলের প্যাচওয়ার্ক তাদের নিজস্ব বংশধারা অনুসরণ করে।“21

কেউ প্রশ্ন করতে পারে, কেন এইগুলি গভীর ক্রোমোসোমাল অধ্যয়ন, যেমন হিউজ, এট আল., সমস্ত এপ ক্রোমোজোমের জন্য পরিচালিত হয়নি?  উদাহরণস্বরূপ, ইঁদুর এবং ফলের মাছিদের ক্রোমোজোমগুলি বিশদভাবে পরিচিত, এবং এর কারণ হল এই জীবগুলিকে চিকিৎসা গবেষণায় অবিরামভাবে পরীক্ষা করা যেতে পারে। বনমানুষের ক্ষেত্রে তাই নয়। নৈতিক মান এবং প্রাণী সংরক্ষণ প্রবিধানগুলি বনমানুষের উপর আক্রমণাত্মক এবং টার্মিনাল পরীক্ষাকে অনুমোদন করে না। এই কারণে, এপ ক্রোমোজোম গবেষণার জন্য তহবিল তুলনামূলকভাবে বিরল কারণ, শেষ পর্যন্ত, কোনো ফলাফলের জন্য প্রয়োগের কিছু ব্যবহারিক ক্ষেত্র রয়েছে। কেন বানর ক্রোমোজোমগুলি আবিষ্কার করার জন্য লক্ষ লক্ষ ডলারের তহবিল নষ্ট করবেন যখন, পরবর্তীকালে, জেনেটিক পরিবর্তন এবং পরীক্ষা-নিরীক্ষার মাধ্যমে এই ফলাফলগুলিকে আরও চিকিত্সা বিজ্ঞানে ব্যবহার করার অনুমতি দেওয়া হয় না?

যাই হোক না কেন, মানব-শিম্প জিনোম মানচিত্রের একাধিক অঞ্চল জুড়ে এই পরিচিত ক্রোমোসোমাল এবং ফাইলোজেনেটিক অসঙ্গতির প্রেক্ষিতে, আমরা 99% মানব-শিম্পের মিলের দাবি কী করব?

উত্তরটি জিনতত্ত্ববিদরা মানব এবং শিম্পাঞ্জির জিনোমকে ক্রম এবং সারিবদ্ধ করার জন্য যে পদ্ধতিগুলি ব্যবহার করেন তার বিশদ বিবরণের মধ্যে রয়েছে। উদাহরণ স্বরূপ, যেহেতু মানুষের 46টি ক্রোমোজোম আছে চিম্পদের 48টির তুলনায়, এটি কি ব্যাট থেকে 4.2% পার্থক্য নয়? স্পষ্টতই, এটি ইচ্ছাকৃতভাবে সরলীকৃত৷ কিন্তু বিষয় হল যে মানুষ এবং শিম্প জিনোমের তুলনা করা দুটিকে লাইনে দাঁড় করানো এবং তারা কতটা মেলে তা দেখার একটি সহজ বিষয় নয়, যদিও এটি অবিকল এমন ধারণা যা একজন অ-বিশেষজ্ঞ হতে পারে।

প্রকৃতপক্ষে, বিজ্ঞান এবং প্রাকৃতিক ইতিহাসের যাদুঘরগুলি বিবর্তনকে উত্সর্গীকৃত প্রদর্শনী সহ — যেমন, “Explore Evolution” প্রকল্প যা মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র জুড়ে অসংখ্য প্রাকৃতিক ইতিহাস জাদুঘরে প্রদর্শিত হয়েছিল — প্রায়শই [রিলে](https://www.youtube.com/Ywatchic// প্রতিটি জিনোম থেকে কয়েক হাজার সারিবদ্ধ নিউক্লিওটাইড পোস্টারে পাশাপাশি প্রিন্ট করে জনসাধারণের কাছে জেনেটিক সাদৃশ্যের চূড়ান্তভাবে ভুল ধারণা, যেন বোঝায় যে মানব-শিম্প জেনেটিক ওভারল্যাপ দিনের মতো পরিষ্কার। 22 23 শুধু আপনার চোখ খুলুন এবং দেখুন!

কিং এবং উইলসনের 99%

সুতরাং, আসুন জিন সিকোয়েন্সিং এবং তুলনার বিশদ বিবরণে খনন করা যাক। 1975 সালে কিং অ্যান্ড উইলসন থেকে 99% মিলের দাবি করা প্রাথমিক গবেষণাটি এসেছে। জৈব রাসায়নিক পদ্ধতিগুলি পরোক্ষভাবে নির্বাচিত মানব এবং শিম্প প্রোটিন পরীক্ষা করে জেনেটিক ওভারল্যাপ পরিমাপ করে৷24 একটি গুরুত্বপূর্ণ নোট হল যে কিং এবং উইলসন প্রমাণ করতে চাননি যে মানুষ এবং শিম্পের জেনেটিক্স অত্যন্ত ওভারল্যাপ করে৷ প্রকৃতপক্ষে, এটি তাদের জন্য একটি আশ্চর্যজনক ফলাফল ছিল এবং তারা উপসংহারে পৌঁছেছিল:

“এই নিবন্ধে নথিভুক্ত কৌতুহলজনক ফলাফল হল যে সমস্ত জৈব রাসায়নিক পদ্ধতিগুলি দেখায় যে মানুষ এবং শিম্পাঞ্জির মধ্যে জেনেটিক দূরত্ব সম্ভবত তাদের উল্লেখযোগ্য জীবগত পার্থক্যগুলির জন্য অ্যাকাউন্টে খুব কম।”

অবশ্যই, জনসাধারণের কাছে যা ফিল্টার করা হয়েছিল (এবং যা পরবর্তীতে বৈজ্ঞানিক সম্প্রদায়ের অনেকের দ্বারা ব্যাখ্যা করা হয়েছিল ) তা হল কিং এবং উইলসনের গবেষণা সাধারণ বংশধরের প্রধান প্রমাণ প্রদান করেছিল। 25 এটা মজার বিষয় যে রাজা এবং উইলসনের মধ্যে একই রকমের পার্থক্য অনুভূত হয়েছিল। দুটি প্রজাতি, এতটাই যে একটি জীবের ফেনোটাইপের প্রাথমিক নির্ধারক হিসাবে জেনেটিক সিকোয়েন্সের ভূমিকা নিয়ে প্রশ্ন তোলা হয়েছিল।

প্রায় 2%

এই পয়েন্টটি ছাড়াও, আসুন আমরা কিং এবং উইলসনের গবেষণা পদ্ধতিগুলি আরও ঘনিষ্ঠভাবে দেখি। প্রথম যে জিনিসটি লক্ষ্য করা যায় তা হল, সময়ের প্রযুক্তিগত সীমাবদ্ধতার কারণে, তাদের পদ্ধতিগুলি মানুষের এবং চিম্প প্রোটিনের বিশ্লেষণের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করেছিল এবং প্রকৃত জিনোম নয়। তারপরেও, তারা শুধুমাত্র মুষ্টিমেয় সমজাতীয় প্রোটিনের সাথে তুলনা করে কারণ সেগুলি সবচেয়ে সহজে তুলনাযোগ্য। কোথাও এটি দাবি করা হয়নি যে নির্বাচিত প্রোটিনগুলি মানব এবং শিম্প উভয়ের দেহের বিভিন্ন ধরণের প্রোটিনের প্রতিনিধি। প্রকৃতপক্ষে, রাজা স্পষ্টভাবে সতর্ক করেছেন:

“প্রচলিত সিকোয়েন্সিং পদ্ধতির সীমাবদ্ধতার কারণে, বৃহত্তর প্রোটিনের জন্য ঠিক তুলনীয় তথ্য পাওয়া যায় না। প্রকৃতপক্ষে, ইতিমধ্যে [এই কাগজে] উল্লিখিত প্রোটিনের জন্য উপলব্ধ ক্রম তথ্য এখনও সম্পূর্ণ নয়।”

এই ফাঁক পেরিয়ে, যেটা বেশি তাৎপর্যপূর্ণ তা হল, প্রোটিনগুলি শুধুমাত্র জিনোমের কোডিং অংশকে প্রতিফলিত করে যখন জিনোমের নন-কোডিং এলাকাগুলি সম্পূর্ণ মিস হয়ে যায়। মজার বিষয় হল, মানব জিনোমের 98% নন-কোডিং।26

ডিএনএর কোডিং এবং নন-কোডিং অঞ্চলের মধ্যে পার্থক্য কী? এটি সাধারণত বলা হয়, ডিএনএ একটি জীবের জীববিজ্ঞানের বিকাশ এবং কার্যকারিতায় ব্যবহৃত জেনেটিক নির্দেশাবলী বহন করে। এই নির্দেশাবলী কীভাবে বাস্তবায়িত হয় তার মেকানিক্স বেশ জটিল এবং সম্পূর্ণরূপে জানা যায় না, তবে, সহজভাবে বলতে গেলে, ডিএনএ-এর কোডিং অংশটি বিভিন্ন প্রোটিনকে এনকোড করে যা শারীরিক ক্রিয়াকলাপের মৌলিক বিল্ডিং ব্লক হিসাবে কাজ করে। মানুষের মধ্যে, সমস্ত ডিএনএর 2% এরও কম এই কোডিং প্রক্রিয়ার সাথে যুক্ত।

কয়েক দশক ধরে, জীববিজ্ঞানীরা জোর দিয়ে আসছেন যে জিনোমের নন-কোডিং অঞ্চলগুলি, যা আমাদের ডিএনএর 98% এরও বেশি গঠন করে, শুধুমাত্র “আবর্জনা।” 27 তারা যুক্তি দিয়েছিলেন যে, যেহেতু নন-কোডিং অঞ্চলে এই প্রোটিনগুলির কোনও ডিসসার গঠনের অংশ ছিল না। ফাংশন এই অনুমান, অবশ্যই, মানব-শিম্প জেনেটিক ওভারল্যাপের পরবর্তী সমস্ত গবেষণাকে রঙিন করেছে।

কিং এবং উইলসনের আইকনিক পেপারের জন্য, তাদের তুলনা শুধুমাত্র জিনোমের কোডিং উপাদানগুলির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করার মানে হল যে তারা যে 99% মিল খুঁজে পেয়েছে তা বিশাল সংখ্যাগরিষ্ঠের জন্য প্রযোজ্য নয় - 98% - মোট মানব-শিম্প জেনেটিক উপাদানের।

লোভনীয় শিরোনাম

এমনকি যদি বৈজ্ঞানিক সম্মতি সম্মত হয় যে জিনোমের নন-কোডিং অঞ্চলগুলি কোনও জৈবিক কাজ করে না, তবে এটি একটি ভুল ব্যাখ্যা হবে যে মানব-শিম্প ডিএনএ কিং এবং উইলসনের কাজের উপর ভিত্তি করে 99% একই রকম। যতদূর কিং এবং উইলসন উদ্বিগ্ন, এটি দাবি করা আরও সঠিক হবে, যেমন, “মানুষ এবং শিম্পের ডিএনএ 99% সমান… যে জিনোমের 2% তুলনা করা হয়েছে।” অবশ্যই, এই লাইনগুলির সাথে একটি শিরোনাম পৃথিবী-বিধ্বংসী ফলাফল হিসাবে কাউকে খুব কম আকর্ষণ করবে না।

বিষয়টি আরও খারাপ করার জন্য, রাজা এবং উইলসনের 99% মিলের দাবিটি আরও কম তাৎপর্যপূর্ণ হয়ে ওঠে যখন এটি [স্পষ্ট] হয়ে যায় (http://www.mobilednajournal.com/content/2/1/13/abstract) যে “জাঙ্ক” নন-কোডিং ডিএনএ ততটা [জৈবিকভাবে অকেজো] নয় assumed.28 29 অতি সম্প্রতি, জিনতত্ত্ববিদরা দাবি করছেন যে যতটা 80% নন-কোডিং ডিএনএ বায়োমেকানিক্যালি সক্রিয়।30 এবং, এমনকি আরও উল্লেখযোগ্যভাবে আবিষ্কার করছে যে তারা কীভাবে একটি অপরিহার্য ভূমিকা পালন করছে, গুরুত্বপূর্ণ জেনেটিক প্রক্রিয়া। অন্য কথায়, 2010 সাল পর্যন্ত যা ছিল তা “আবর্জনা” বলে ধরে নেওয়া হয়েছিল এবং হিউম্যান-শিম্প জেনেটিক্সের মধ্যে তুলনা করার ক্ষেত্রে বেশিরভাগ ক্ষেত্রে অবহেলিত ছিল যা এখন জীববিজ্ঞানীরা আমাদের জিনোটাইপের একটি গুরুত্বপূর্ণ উপাদান বলে বোঝেন।

একজন [গবেষক] হিসেবে (http://healthland.time.com/2012/09/06/junk-dna-not-so-useless-after-all/) স্পষ্টভাবে এটি রাখুন:

“উল্লেখযোগ্য বিষয় হল [জিনোম] কতটুকু অন্তত কিছু করছে। এটি জিনোম সম্পর্কে আমার ধারণাকে বদলে দিয়েছে,” -ইউয়ান বার্নি, ইউরোপীয় বায়োইনফরমেটিক্স ইনস্টিটিউট ৩১ এর

ফিগার যান! আমাদের জিনোমের 98% হল “অন্তত কিছু করা” এবং সম্পূর্ণরূপে জড় বর্জ্য নয়।

রাজা, উইলসন এবং অন্যান্যদের দ্বারা করা অত্যন্ত নির্বাচনী এবং সীমিত মানব-শিম্প জিনোম তুলনার পরিপ্রেক্ষিতে, এটা কোন আশ্চর্যের বিষয় নয় যে আরও বেশি মনোযোগী গবেষণা যা নির্দিষ্ট ক্রোমোজোমগুলিকে বিশদভাবে বিশ্লেষণ করে, যেমন উপরে উদ্ধৃত Y-ক্রোমোজোম অধ্যয়ন, “উল্লেখযোগ্য ভিন্নতা” খুঁজে পায়।

অন্যান্য অধ্যয়ন

কিং এবং উইলসনের গবেষণাপত্র থেকে হিউম্যান-শিম্প জিনোমের তুলনার পর্যালোচনা দেখায় যে তাদের মধ্যে অনেকেই তাদের সিদ্ধান্তগুলিকে একচেটিয়াভাবে জিনোমের কোডিং অংশের উপর ভিত্তি করে তৈরি করে, যা সমগ্র জিনোমের মাত্র 2% (যেমন, ওয়াইল্ডম্যান, এট আল। Nielsen, et al. ).32 33 সাহিত্যের বাকি অংশ —  যার সবকটিই 2010 সালের গবেষণার পূর্বে উল্লেখ করেছে — পোর্ট কোডিং ও নন-কোডিং-এর গুরুত্ব অন্তর্ভুক্ত। বিস্তৃতি (যদিও নন-কোডিং অঞ্চলগুলিকে সাধারণত কম গুরুত্ব দেওয়া হয়)। তবুও, এই অধ্যয়নগুলি মোট জিনোমের কিছু অংশের সাথে তাদের তুলনাকে সীমিত করে, যার অর্থ হল, মানব এবং শিম্প জিনোমিক সিকোয়েন্সের সম্পূর্ণতার শেষ থেকে শেষ তুলনা নেই।

এটি অবশ্যই, 2003 সালে হিউম্যান জিনোম প্রজেক্ট (HGP) এবং [2005 Chimp Consortium]-এর চিম্প ড্রাফ্ট জিনোম (http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature304.html,2.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature04,2003-এর পূর্ববর্তী কোনো গবেষণার জন্য দেওয়া হয়েছে) 2003 এবং 2005 সালে যথাক্রমে (প্রায়) সম্পূর্ণ ক্রমানুসারী হওয়ার আগে দুটি জিনোমের সম্পূর্ণতার একটি ব্যাপক তুলনা প্রদান করতে পারে। (এবং এমনকি চিম্প জিনোম সিকোয়েন্সটি একটি খসড়া। পরে এটি সম্পর্কে আরও।)

উদাহরণ স্বরূপ, Britten 2002 সালে মোট মোটামুটি [3.08 বিলিয়ন] (http://www.nature.com/nature/journal/v411/that 031/that) 846,016 ঘাঁটির মধ্যে তুলনা করা হয়েছে মানব জিনোম গঠন করে, যা মোটের মাত্র ০.০৩%।  Arnason, et al. , ছয় বছর আগে, শুধুমাত্র 165,000 বিবেচনা করেছিল, যা 0.006%।  লিউ, এট আল।, 2003 সালে প্রায় 5 মিলিয়নের তুলনায়, যা মোটের 0.17%।  Ebersberger, et al. , 2002 সালে প্রায় 3 মিলিয়নের তুলনায়, যা 0.1%।  আনজাই, এট আল। , বিশেষভাবে জিনোমের MHC মাল্টি-জিন অঞ্চলের দিকে নজর দেওয়া হয়েছে, যা মেরুদণ্ডী প্রাণীদের রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতার সাথে যুক্ত; মোট, এটি জিনোমের 0.06% গঠন করে।  থমাস, এট আল।, 2003 সালে 0.06% বিবেচিত এবং নিলসেন, এট al., 2005.35 - 42-এ 0.6% বিবেচিত

মানব এবং শিম্প জিনোমের একটি বিশাল সংখ্যাগরিষ্ঠতাকে বিবেচনায় নেওয়ার একমাত্র গবেষণাটি ছিল [2005 শিম্পাঞ্জি সিকোয়েন্সিং অ্যান্ড অ্যানালাইসিস কনসোর্টিয়াম](http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature04072.html#a25,billion.ide.25,বিলিয়ন. মোট.৪৩ এর প্রায় ৭৬.৭%

প্রকৃতপক্ষে, এই সমীক্ষার কোনোটিই মানব এবং শিম্প জিনোমের মধ্যে 99% সাদৃশ্য অযোগ্যভাবে দাবি করে। বরং, সতর্কতা সবসময়ই থাকে (কখনও কখনও আরও স্পষ্টভাবে, কখনও কখনও কম) যে 95%, 98%, বা 99% মিল আবিষ্কৃত জিনোমের আংশিক অংশগুলির মধ্যে সীমাবদ্ধ।

খসড়া সিকোয়েন্স

এখন আসুন আধুনিক সিকোয়েন্সিং এবং জিনোম তুলনা কৌশলগুলির আরও গভীরে খনন করি যাতে 2005 চিম্প কনসোর্টিয়ামের অনুসন্ধানগুলি সম্পর্কে আরও অন্তর্দৃষ্টি পাওয়া যায়, যা মানব-শিম্প জেনেটিক সিকোয়েন্সের সম্পূর্ণ তুলনা করার কাছাকাছি এসেছিল।

প্রকৃতপক্ষে ডিএনএ তুলনা করার আগে, জিনতত্ত্ববিদদের প্রথমে প্রশ্নে জিনোমগুলিকে ক্রমানুসারে তৈরি করতে হবে, যা নিজেই একটি গুরুত্বপূর্ণ কাজ। উপরে উল্লিখিত হিসাবে, শুধুমাত্র মুষ্টিমেয় প্রজাতির জিনোম সম্পূর্ণরূপে অনুক্রম করা হয়েছে। এটি কারণ সিকোয়েন্সিং প্রকল্পগুলি ব্যয়বহুল হতে পারে। ইন্টারন্যাশনাল হিউম্যান জিনোম প্রজেক্ট (HGP), উদাহরণস্বরূপ, $3 বিলিয়ন তহবিল প্রয়োজন এবং এটি সম্পূর্ণ হতে প্রায় 13 বছর লেগেছে। 2005 শিম্পাঞ্জি সিকোয়েন্সিং অ্যান্ড অ্যানালাইসিস কনসোর্টিয়াম, বিপরীতে, চিম্প জিনোমকে ক্রমানুসারে করার চেষ্টা করেনি শুধুমাত্র HGP-এর %4 এবং ঊর্ধ্বমুখী স্তরের সমান স্তরে। জিনোমের সম্পূর্ণতা। ৪৪ সম্পূর্ণভাবে শিম্প জিনোমকে সিকোয়েন্স করার পরিবর্তে, গবেষকরা সিকোয়েন্সড চিম্প ডিএনএর বিচ্ছিন্ন টুকরোগুলোকে একত্রিত করার জন্য একটি “ব্লুপ্রিন্ট” হিসাবে মানব জিনোম ব্যবহার করেছেন। এটি এই ধারণার অধীনে করা হয়েছিল যে মানুষ এবং শিম্পের মধ্যে ঘনিষ্ঠ সম্পর্ক রয়েছে, যেমন মানব জিনোমটি খণ্ডিত শিম্প ডিএনএ ম্যাপ করার জন্য একটি রেফারেন্স হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। অত্যধিক নিন্দুকেরা ভাবতে প্রলুব্ধ হতে পারে যে শিম্প জিনোমের ক্রমানুসারে মানব জিনোম ব্যবহার করা হয়েছিল তা পরবর্তীতে দুটির তুলনার জন্য গুরুত্বপূর্ণ প্রভাব ফেলবে।

নির্বাচনী তুলনা

99% হিউম্যান-শিম্প মিলের অযোগ্য দাবি থেকে সাধারণ জনগণ যে ধারণা পেতে পারে তা হল জিনতত্ত্ববিদরা জিনোমগুলি সারিবদ্ধ করেছেন এবং ডিএনএ গঠন গঠনকারী বিলিয়ন নিউক্লিওটাইডের অনুক্রমের তুলনা করেছেন, যেমন, A, T, C, G। উদাহরণস্বরূপ, এখানে প্রথম 100 টি শিম্পোচ ডিএনএ এর ভিত্তি রয়েছে:

এবং মানুষের মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএর জন্য প্রথম 100:

প্রদত্ত যে সমগ্র মানব জিনোমটি 3 বিলিয়ন নিউসেলোটাইডের ক্রম অনুসারে এবং চিম্প জিনোম প্রায় 10% বড়, “সরাসরি” তুলনার যে কোনও ধারণা বিবেচনার বাইরে। প্রকৃতপক্ষে, জিনতত্ত্ববিদরা অ্যালগরিদম এবং সফ্টওয়্যার তৈরি করতে পরিসংখ্যানগত গণিতবিদ এবং কম্পিউটার প্রোগ্রামারদের সাহায্য নিযুক্ত করেন — যেমন, BLAST — বিশাল ক্রমগুলির মধ্যে প্রান্তিককরণ খুঁজে পেতে সক্ষম৷45

ব্লাস্ট-এর মতো সফ্টওয়্যার ব্যবহার করার আগে, জেনেটিসিস্টরা প্রথমে জিনোমের অঞ্চলগুলিকে প্রাক-নির্বাচন করে যা তারা তুলনা করতে চায়। এই প্রাক-নির্বাচনটি প্রয়োজনীয় কারণ মানব এবং শিম্প জিনোমের নির্দিষ্ট কিছু অঞ্চল স্থানীয় প্রান্তিককরণ অ্যালগরিদম ব্যবহার করে কার্যকরভাবে তুলনা করার জন্য খুব ভিন্ন। যে অঞ্চলগুলি অত্যন্ত পুনরাবৃত্ত হয় সেগুলিকেও বাদ দেওয়া হয় (বা “মুখোশ”) কারণ BLAST এবং অন্যান্য প্রোগ্রামগুলি এই অঞ্চলগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করার জন্য ভুল ফলাফল দেয়৷ (পরবর্তী বিভাগে এটি সম্পর্কে আরও।) নীচের লাইনটি হল, চূড়ান্ত শতাংশের মিল * বাদ দেওয়া অঞ্চলগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করে না। অন্য কথায়, জিনোম তুলনা হল অনুক্রমের সাদৃশ্যের একটি পরিমাপ যা ইতিমধ্যেই সারিবদ্ধ হওয়ার জন্য যথেষ্ট সমান।

অবশ্যই, এই ধরণের সীমিত বিশ্লেষণ গবেষকদের জন্য অর্থবোধ করে যারা চিকিৎসা বিজ্ঞানে অগ্রগতি অর্জনে ভাগ করা জিনগুলি তদন্ত করার জন্য শেষ পর্যন্ত প্রজাতির মধ্যে জেনেটিক ক্রম তুলনা করে। যাইহোক, এটা স্পষ্ট যে এই পদ্ধতিটি মৌলিকভাবে দুটি জিনোমের সামগ্রিক সাদৃশ্য পরীক্ষা করার ক্ষমতার মধ্যে সীমাবদ্ধ। সর্বোপরি, একটি ইচ্ছাকৃতভাবে নির্দিষ্ট সীমার বাইরে বিচ্যুতির অঞ্চলগুলি হাতের বাইরে বাদ দেওয়া হয়। এই ধরনের উদাহরণগুলির বাইরে, এটি পরিষ্কার নয় যে মানুষ এবং বনমানুষের আন্তঃসম্পর্ক সম্পর্কে গভীরভাবে প্রোথিত বিশ্বাসগুলিকে পুনঃনিশ্চিত করার উদ্দেশ্যে একটি নির্বিচারে, অত্যন্ত কৃত্রিম ম্যাচিং গেম হওয়া ছাড়া বৈজ্ঞানিক উপযোগী জিনোমের তুলনার গভীরতর কী আছে।

এই আপাতদৃষ্টিতে বিতর্কিত বিবৃতিটিকে আরও ভালভাবে উপলব্ধি করার জন্য, এটি আসলে অ্যালাইনমেন্ট পদ্ধতিগুলিকে কার্যে দেখতে এবং উল্লেখযোগ্য জেনেটিস্টদের মতামত শুনতে সাহায্য করে।

সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট সমস্যা

এখন, একজন অ-বিশেষজ্ঞ আশ্চর্য হতে পারেন যে উপরের মত দুটি নিউক্লিওটাইড ক্রম ঠিক কিভাবে তুলনা করা হয়। উত্তর হল, এটি করার কোন উপায় নেই। প্রকৃতপক্ষে, সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট একটি খুব সক্রিয় ক্ষেত্র, কারণ গবেষকদের বিতর্ক যেটি সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট অ্যালগরিদমগুলি সবচেয়ে “নির্ভরযোগ্য,” “উচ্চ মানের” ফলাফল দেয়। Batzoglou](http://bib.oxfordjournals.org/content/6/1/6.long) মন্তব্য:

“সম্প্রতি, মৌলিক পদ্ধতি এবং টুলস ডেভেলপমেন্টের সাহিত্য সঙ্কুচিত হওয়ার পরিবর্তে বেড়েই চলেছে, যা ইঙ্গিত করে যে সারিবদ্ধকরণ সমস্যা এখনও সমাধান হয়নি। প্রায় 40 বছরের গবেষণা এবং আক্ষরিকভাবে শত শত উপলব্ধ সরঞ্জামের পরেও এটি কীভাবে হতে পারে?“47

বাস্তবে, সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট সমস্যা একটি জৈবিক সমস্যা থেকে গাণিতিক সমস্যা বেশি; তদুপরি, এটি একটি উন্মুক্ত সমস্যা কারণ কোন সুনির্দিষ্ট সমাধান বিদ্যমান নেই৷48 তবুও, কেন্দ্রীয় সমস্যাটি সহজেই বলা হয়েছে: একটি প্রদত্ত দৈর্ঘ্যের দুটি (বা তার বেশি) বর্ণের ক্রম (যেমন, A, C, T, G) দেওয়া হলে, কীভাবে আমরা তাদের মধ্যে “দূরত্ব” বা “সাদৃশ্য” পরিমাপ করতে পারি। উদাহরণস্বরূপ, নীচের ক্রমগুলি বিবেচনা করুন:

TCCCAGTTATGTCAGGGGAACGAGCATGCAGAGAC

AATTGCCGCCGTCGTTTTCAGCAGTTATGTCAGATC

বায়োইনফরম্যাটিক্সের তুলনামূলকভাবে নতুন ক্ষেত্রে এটি সঠিকভাবে বিশ্লেষণ করা ডেটার ধরণের। সীমাবদ্ধতা প্রয়োগ না করে, দুটি ক্রম সারিবদ্ধ করার জন্য দ্রুতগতিতে অনেক উপায় রয়েছে (নীচে দেখানো দুটি সম্ভাবনা):

গ্যাপ, ড্যাশ দ্বারা উপস্থাপিত, সিকোয়েন্সগুলি সারিবদ্ধ করার জন্য একটি গ্রহণযোগ্য পদ্ধতি কারণ, বিবর্তনীয় পরিভাষায়, ফাঁকগুলি জিনগত ক্রমানুসারে নিউক্লিওটাইডগুলির সন্নিবেশ বা মুছে ফেলার (অর্থাৎ “ইন্ডেল”) প্রতিনিধিত্ব করে। প্রযুক্তিগতভাবে, একক প্রতিস্থাপন এবং বিপর্যয়গুলিও অনুমোদিত, যা সম্ভাব্য প্রান্তিককরণের স্থানকে আরও প্রসারিত করে।

এখন, উপরের দুটি সম্ভাবনা দেওয়া, কোন প্রান্তিককরণ সঠিক? এই তুলনামূলকভাবে সংক্ষিপ্ত ক্রমটির জন্য বিপুল সংখ্যক সম্ভাব্য প্রান্তিককরণের মধ্যে, আমরা কীভাবে নির্ধারণ করতে পারি কোন প্রান্তিককরণটি সঠিকভাবে উপস্থাপন করে দুটি প্রজাতির মধ্যে ফাইলোজেনেটিক সম্পর্ক? সর্বোপরি, প্রতিটি সম্ভাবনার তুলনা, বৈসাদৃশ্য এবং গ্রেড করার জন্য অনুমানকৃত সাধারণ পূর্বপুরুষের ডিএনএ-তে আমাদের অ্যাক্সেস নেই। যাই হোক না কেন, একবার আমরা সিদ্ধান্ত নিই যে কোন প্রান্তিককরণটি সঠিক, তারপরে আমরা মিল গণনা করে শতাংশের সাদৃশ্য সারণী করতে পারি।

এই সবের তাৎপর্য হল দুটি সিকোয়েন্সের সামগ্রিক শতাংশের সাদৃশ্য শেষ পর্যন্ত একজন বেছে নেওয়া প্রান্তিককরণ স্কিমটির উপর নির্ভর করে। অধিকন্তু, একটি প্রমিত প্রান্তিককরণ প্রকল্পের অভাব বিভিন্ন জিনোম জুড়ে তুলনামূলক অধ্যয়নকে সমস্যাযুক্ত এবং ফলাফলগুলিকে সন্দেহজনক করে তোলে।

জিনোমের মধ্যে বড় আকারের তুলনা সাধারণত “গ্লোবাল অ্যালাইনমেন্ট” এর বিপরীতে “স্থানীয় প্রান্তিককরণ” পছন্দ করে। উপরের উদাহরণে, উপরের প্রান্তিককরণটি একটি বিশ্বব্যাপী প্রান্তিককরণ এবং নীচেরটি স্থানীয়কে উপস্থাপন করে। 2005 সালের চিম্প কনসোর্টিয়ামের মতো তুলনামূলক জিনোমিক গবেষণায়, স্থানীয় সারিবদ্ধকরণকে প্রাধান্য দেওয়া হয় এই ধারণার অধীনে যে, ডিএনএর দীর্ঘ প্রসারিত, শুধুমাত্র কিছু অংশই আগ্রহহীন নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সের সমুদ্রের সাথে সম্পর্কিত। উদাহরণস্বরূপ, উপরের স্থানীয় প্রান্তিককরণে, এটি 100% সাদৃশ্য হিসাবে বিবেচিত হয়। নিরপেক্ষ এলাকাগুলোকে উপেক্ষা করা হয়। এইভাবে BLAST ব্যবহার করে সারিবদ্ধকরণ কাজ করে; প্রোগ্রামটি একটি প্রদত্ত দৈর্ঘ্যের একটি নমুনা ক্যোয়ারী নেয় এবং ডাটাবেস জিনোম স্ক্যান করে যতক্ষণ না এটি সমস্ত সম্ভাব্য মিলগুলি ফেরত দেয়, যার মধ্যে কিছু ইনডেল, প্রতিস্থাপন ইত্যাদির কারণে বেশি বা কম সাদৃশ্য রয়েছে। পুরো জিনোমের প্রসঙ্গে মিলগুলির আপেক্ষিক অবস্থান [ফ্যাক্টরযুক্ত নয়](http://www.ncbi.nlm.nih/MC86/MC56/MC56/MCpm6 কারণ, আবার, অনুমান হল যে মিলিত ক্রমগুলি নগণ্য অঞ্চল দ্বারা বেষ্টিত যার সঠিক ক্রম কোন ব্যাপার নয়। আমেরিকান বায়োকেমিস্ট রাসেল ডুলিটল নোট হিসাবে:

“অন্তর্নিহিত বার্তাটি হ’ল সামগ্রিক পটভূমিতে সামগ্রিক বৈষম্যের মধ্যে এম্বেড থাকা সত্ত্বেও সাদৃশ্যের অঞ্চলগুলির প্রতি একজনকে সতর্ক থাকতে হবে।”

পটভূমির বৈষম্য, অবশ্যই, সামগ্রিক শতাংশের সাদৃশ্য গণনা থেকে বাদ দেওয়া হয়েছে।

সত্যিকার অর্থে, যখন মানুষের জিনোমের কথা আসে, এমনকি পরিমিত অধ্যয়নের ক্ষেত্রেও অনেক কিলোবেস সিকোয়েন্স ডেটা বিবেচনা করতে হয়। জেনেটিসিস্টরা প্রথম স্থানে সারিবদ্ধকরণের জন্য সবচেয়ে উপযুক্ত ক্ষেত্রগুলির সাথে তাদের ক্রম তুলনা সীমিত করে প্রান্তিককরণ সমস্যার জটিলতা কমিয়ে দেয়, যা খুব সৌভাগ্যক্রমে, বেশিরভাগ জেনেটিক আগ্রহের ক্ষেত্রও হয়ে থাকে (অন্তত অ-কোডিং, উচ্চ-পুনরাবৃত্তির অঞ্চল, ট্রান্সপোজেবল 2010 উপাদানগুলির গুরুত্ব আবিষ্কার করার আগে)। আলাদা কম্পিউটার প্রোগ্রাম — যেমন, DUST “এইগুলি আনুন”। জিনোমের “অরুচিহীন” পটভূমি অঞ্চল। 50 উপরে উল্লিখিত হিসাবে, মুখোশযুক্ত অঞ্চলগুলি সামগ্রিক শতাংশের মিলের মধ্যে অন্তর্ভুক্ত নয়। কিন্তু, এই বর্জন কতটা তাৎপর্যপূর্ণ?

জিনোমের “ডার্ক ম্যাটার”

“নিম্ন জটিলতা” পুনরাবৃত্ত অঞ্চলগুলির স্কেল বোঝার জন্য, আমরা [কোনিং, এট আল।](http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pgen.1011%2Fjournal.pgen.1011-এর একটি 2011 সমীক্ষা থেকে সম্পূর্ণরূপে একটি অনুচ্ছেদ উদ্ধৃত করে শুরু করতে পারি।

“ইউক্যারিওটিক জিনোমে ট্রান্সপোজেবল এলিমেন্টস (TE) এবং অন্যান্য পুনরাবৃত্তিমূলক ক্রমগুলির লক্ষ লক্ষ কপি রয়েছে৷ প্রকৃতপক্ষে, সাধারণ স্তন্যপায়ী জিনোমের অনুক্রমের বিষয়বস্তুর প্রায় অর্ধেককে TEs হিসাবে টীকা করা হয় এবং প্রচলিত টীকা পদ্ধতি দ্বারা সরল পুনরাবৃত্তি হয়৷ কেবলমাত্র 5mm-এর বিপরীতে, প্রায় 51% এর বিপরীতে জিনোম সিকোয়েন্সগুলি জিন এবং পরিচিত কার্যকরী উপাদানগুলি নিয়ে গঠিত, জিনোমের বাকি 40-45% অজানা ফাংশন, এবং কখনও কখনও এটিকে মানব জিনোমের ‘ডার্ক ম্যাটার’ হিসাবে উল্লেখ করা হয়, সম্ভবত এই ‘অন্ধকার পদার্থ’ ভগ্নাংশটি অস্পষ্ট এবং আংশিকভাবে বিস্তৃত। বিবর্তনীয় সময় জিনোমের এই বিশাল অক্ষরিত উপাদানটির বিষয়বস্তু এবং উত্স বোঝা মানব জিনোম সিকোয়েন্সের সংগঠন এবং কার্যকারিতা সম্পূর্ণরূপে বোঝার জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ পদক্ষেপের প্রতিনিধিত্ব করে।

ট্রান্সপোজেবল উপাদান হল ডিএনএ সিকোয়েন্স যা জিনোমের বিবর্তনে অবস্থান পরিবর্তন করতে পারে। কোনিং এর মত অধ্যয়নের আগে, এট আল। (2011) এবং Bucher, et al. , (2012), যা ট্রান্সপোজেবল উপাদানের গুরুত্ব প্রমাণ করে, TEs কে “হোস্ট জিনোমের পরজীবী হিসাবে দেখা হয়েছিল যার কার্যকারিতা ছিল শুধুমাত্র অবাস্তব জিনোমের অবাস্তব জিনোম”। জেনেটিসিস্টরা তদন্ত করতে সবচেয়ে বেশি আগ্রহী ছিলেন।52 যেমনটি আমরা দেখেছি, ঐতিহাসিক জিনোম অ্যালাইনমেন্ট স্টাডিতে এই অঞ্চলগুলিকে মুখোশ দেওয়া হয়েছিল, কিন্তু কোনিং, এট আল., প্রস্তাব হিসাবে, এই অঞ্চলগুলি সমগ্র জিনোমের 66% এর উপরে গঠন করে। অন্যান্য অনুমান 40% থেকে 50%53p।

এর অর্থ হল যে 2005 চিম্প কনসোর্টিয়ামের মতো অধ্যয়ন যা পুনরাবৃত্ত অঞ্চলগুলিকে মুখোশ করে এবং সারিবদ্ধ ক্রমগুলিকে ঘিরে স্থানান্তরযোগ্য অঞ্চলগুলিকে উপেক্ষা করে তাদের বিশ্লেষণে সমগ্র জিনোমের 40% পর্যন্ত বাদ দেওয়া হয়েছে৷ 2005 এবং 2010 এর শেষের দিকে, এই বর্জনগুলি এই ভিত্তিতে যুক্তিযুক্ত হতে পারে যে এই অঞ্চলগুলির জীবের জন্য এবং সাধারণত ফাইলোজেনেটিক বিবেচনার জন্য কোনও কার্যকরী তাত্পর্য ছিল না। কিন্তু, আমরা যেমন দেখেছি, গত 4 বছরের মধ্যে সাম্প্রতিক গবেষণা দেখায় যে এই ধরনের অনুমানগুলি গুরুতরভাবে ভুল ছিল।

উপসংহার

জিন সিকোয়েন্সিং এবং জিনোমিক তুলনার বৈজ্ঞানিক বিবরণ সম্পর্কে আরও অনেক কিছু বলা যেতে পারে। বায়োইনফরমেটিক্স এবং বিবর্তনীয় জেনেটিক্সের ক্ষেত্রগুলি গত এক দশক ধরে দ্রুত বিকাশের অবস্থায় রয়েছে এবং ধীরগতির কোনও লক্ষণ দেখায় না। এই উন্নয়নগুলি সম্পর্কে জনপ্রিয় মিডিয়া রিপোর্ট হিসাবে, সাধারণ জনগণের কাছে বৈজ্ঞানিক অনুসন্ধানগুলি অনুবাদ করার সময় মন্তব্যকারীদের জন্য সতর্কতা এবং প্রসঙ্গ অন্তর্ভুক্ত করা আরও গুরুত্বপূর্ণ হয়ে ওঠে। এই যত্ন এবং যথাযথ অধ্যবসায় এটি নিশ্চিত করতে সাহায্য করবে যে বৈজ্ঞানিক তথ্যগুলি মতাদর্শগত সিদ্ধান্তে ঢালাওভাবে অপব্যবহার করা হবে না।

স্লিপশড রিপোর্টিংয়ের বিপদের বাইরে, তুলনামূলক জিনোমিক্স সাহিত্য পর্যালোচনা করার ক্ষেত্রে একটি পুনরাবৃত্ত থিম হল যে বিজ্ঞান নিজেই সিদ্ধান্ত থেকে দূরে। উদাহরণ স্বরূপ, চিম্প কনসোর্টিয়াম অধ্যয়ন দ্বারা 2005 সালে করা একাধিক প্রধান অনুমান, যেমন নন-কোডিং, পুনরাবৃত্তিমূলক এবং স্থানান্তরযোগ্য অঞ্চলগুলির প্রাসঙ্গিকতা, 2010 সালের মধ্যে অনাকাঙ্খিতভাবে উল্টে দেওয়া হয়েছিল। তবুও, এটি শুধুমাত্র এই ভুলগুলির দ্বারা পরিচালিত জিনোমের এই ধরনের নির্বাচনী মূল্যায়নের মাধ্যমে ছিল যে 5% 9 শতাংশ অনুরূপ ছিল।

সাধারণ বংশের জন্য এই সব মানে কি? উপরে উদ্ধৃত হিসাবে অনেক বিশেষজ্ঞের কাছে যা স্পষ্ট, তা হল জিনোমের সাদৃশ্য পরিমাপ করার চেষ্টা শেষ পর্যন্ত একটি মূর্খ, অর্থহীন প্রচেষ্টা। আশা করি, এই প্রবন্ধটি সেই উপসংহারে পর্যাপ্ত উপাদান সরবরাহ করেছে। শেষ পর্যন্ত, নিজের দ্বারা 99% সাদৃশ্য ঘোষণা করা খুব কমই সাধারণ বংশোদ্ভূতদের পক্ষে কারণ, নিরঙ্কুশদের দোলাতে নিছক অলংকারিক শক্তি ব্যতীত। এর অর্থ এই নয় যে জীববিজ্ঞানীদের কাছে সাধারণ বংশোদ্ভূত হওয়ার জন্য অন্যান্য অনুভূত প্রমাণ নেই (যার কয়েকটি এই সিরিজের দ্বিতীয় অংশে আলোচনা করা হবে)। ডারউইন অবশ্যই বিশ্বাস করতেন যে তিনি জেনেটিক বিশ্লেষণের সাহায্য ছাড়াই সাধারণ বংশধরের অসংখ্য প্রমাণও আবিষ্কার করেছেন। এই অন্যান্য প্রমাণগুলির মধ্যে কোনটিই, জনসচেতনতায় এবং ডারউইনের সাধারণ বংশোদ্ভূত 99% মিলের দাবির চেয়ে ব্যাপক গ্রহণযোগ্যতার ক্ষেত্রে বড় ভূমিকা পালন করেনি। কিন্তু, যেমনটি আমরা দেখেছি, এটি কেবল হাইপ পর্যন্ত বাস করে না।

এই সিরিজের আসন্ন দ্বিতীয় অংশে, আমরা, ইনশাআল্লাহ, জৈবিক প্রমাণগুলি আরও পরীক্ষা করব এবং সেইসাথে বিষয়টিকে ঘিরে বৃহত্তর ধারণাগত বিষয়গুলি নিয়ে আলোচনা করব যাতে সাধারণ বংশোদ্ভূত প্রকৃতির ভিত্তির সমালোচনা করা যায়। যেহেতু প্রকৃতিবাদকে বিবর্তন সম্পর্কিত কার্যত সমস্ত বৈজ্ঞানিক গবেষণার দ্বারা মঞ্জুর করা হয়েছে, তাই এই প্রবন্ধে যেমনটি করা হয়েছিল বৈজ্ঞানিক সাহিত্যের কেবল মূল্যায়ন করা, এর মূলে ডারউইনীয় সাধারণ বংশোদ্ভূতকে পর্যাপ্তভাবে চ্যালেঞ্জ করার জন্য যথেষ্ট হবে না।

নোট

  1. King, M., and A. Wilson . “Evolution At Two Levels In Humans And Chimpanzees.”  Science  188.4184 (1975): 107-116.

  2. Wildman, D. E . “Implications Of Natural Selection In Shaping 99.4% Nonsynonymous DNA Identity Between Humans And Chimpanzees: Enlarging Genus Homo.”  Proceedings of the National Academy of Sciences  100.12 (2003): 7181-7188.

  3. NIH/National Human Genome Research Institute . “Comparing the chimp and human genomes.” N.p., 31 Aug. 2005. Web. 5 Apr. 2014. http://genome.wellcome.ac.uk/doc_WTD020730.html .

  4. Demuth, Jeffery P., et al . “The Evolution of Mammalian Gene Families.”  PLoS ONE  1.1 (2006): e85.

  5. “ Richard Dawkins – Comparing the Human and Chimpanzee Genomes.” YouTube. 16 Mar. 2012. Web. 5 Apr. 2014. https://www.youtube.com/watch?v=agraHxYui_4 .

  6. Broad Institute of MIT and Harvard . “Comparison of human and chimpanzee genomes reveals striking similarities and differences.”  Broad Institute of MIT and Harvard . Broad Institute Communications, 31 Aug. 2005. Web. 5 Apr. 2014. http://www.broadinstitute.org/news/263 .

  7. ABC Science . “Do pigs share 98 per cent of human genes?”  ABC Science , 3 May 2010. Web. 5 Apr. 2014. http://www.abc.net.au/science/articles/2010/05/03/2887206.htm .

  8. King, M., and A. Wilson .

  9. Gunter, Chris, and Ritu Dhand . “Human Biology By Proxy.”  Nature  420.6915 (2002): 509-509.

  10. Church, Deanna M., et al . “Lineage-Specific Biology Revealed by a Finished Genome Assembly of the Mouse.”  PLoS Biology 7.5 (2009): e1000112.

  11. Pontius, J. U., et al . “Initial Sequence And Comparative Analysis Of The Cat Genome.”  Genome Research  17.11 (2007): 1675-1689.

  12. National Human Genome Research Institute . “Comparative Genomics Fact Sheet.” N.p., 13 Nov. 2011. Web. 3 Apr. 2014. https://www.genome.gov/11509542 .

  13. Botstein, D . “Genetics: Yeast as a Model Organism.”  Science  277.5330 (1997): 1259-1260.

  14. “ List of sequenced animal genomes .” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 30 Mar. 2014. Web. 5 Apr. 2014. http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequenced_animal_genomes .

  15. “ List of sequenced eukaryotic genomes .” Wikipedia. Wikimedia Foundation, 4 Feb. 2014. Web. 5 Apr. 2014. http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequenced_eukaryotic_genomes .

  16. Cohen, J. “Evolutionary Biology: Relative Differences: The Myth of 1%.”  Science  316.5833 (2007): 1836-1836.

  17. Hughes, Jennifer F., et al . “Chimpanzee and human Y chromosomes are remarkably divergent in structure and gene content.”  Nature  463.7280 (2010): 536-539.

  18. Archidiacono, Nicoletta, et al . “Evolution of chromosome Y in primates.”  Chromosoma  107.4 (1998): 241-246.

  19. Gibbons, Ann . “Which of Our Genes Make Us Human?” Science , 4 Sept. 1998. Web. 6 Apr. 2014. http://www.sciencemag.org/content/281/5382/1432 .

  20. Fujiyama, A., et al . “Construction and Analysis of a Human-Chimpanzee Comparative Clone Map.”  Science  295.5552 (2002): 131-134.

  21. Ebersberger, I., et al . “Mapping Human Genetic Ancestry.”  Molecular Biology and Evolution  24.10 (2007): 2266-2276.

  22. Explore Evolution . “Explore Evolution :: Project Overview.” University of Nebraska State Museum, n.d. Web. 6 Apr. 2014. http://explore-evolution.unl.edu/overview.html .

  23. “ Richard Dawkins – Comparing the Human and Chimpanzee Genomes.” YouTube.

  24. King, M., and A. Wilson .

  25. Morange, Michel . “The genetic distance between humans and chimpanzees: What did Mary-Claire king and Allan Wilson really say in 1975?.”  Journal of Biosciences  36.1 (2011): 23-26.

  26. Meisler, M. H . “Evolutionarily Conserved Noncoding DNA in the Human Genome: How Much and What For?”  Genome Research  11.10 (2001): 1617-1618.

  27. Ohno, S. “So much “junk” DNA in our genome.” Brookhaven Symposia in Biology . 23:366-70 (1972).

28.  Polavarapu, Nalini, et al . “Characterization and potential functional significance of human-chimpanzee large INDEL variation.” Mobile DNA 2.1 (2011): 13.

29.  Nowacki, M., et al . “A Functional Role for Transposases in a Large Eukaryotic Genome.” Science 324.5929 (2009): 935-938.

30.  Park, Alice . “Junk DNA.” Time . 12 Sept. 2012. Web. 6 Apr. 2014. http://healthland.time.com/2012/09/06/junk-dna-not-so-useless-after-all/ .

  1. Park, Alice .

32.  Wildman, D. E.

33.  Nielsen, Rasmus, et al . “A Scan for Positively Selected Genes in the Genomes of Humans and Chimpanzees.” PLoS Biology 3.6 (2005): e170.

34.   The Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium . “Initial Sequence Of The Chimpanzee Genome And Comparison With The Human Genome.” Nature 437.7055 (2005): 69-87.

35.  Britten, R. J . “Divergence between samples of chimpanzee and human DNA sequences is 5%, counting indels.” Proceedings of the National Academy of Sciences 99.21 (2002): 13633-13635.

36.  International Human Genome Sequencing Consortium . “Finishing The Euchromatic Sequence Of The Human Genome.” Nature 431.7011 (2004): 931-945.

37.  Arnason, Ulfur, et al . “A complete mitochondrial DNA molecule of the white-handed gibbon, Hylobates lar, and comparison among individual mitochondrial genes of all hominoid genera.” Hereditas 124.2 (1996): 185-189.

38.  Liu, G., et al . “Analysis of Primate Genomic Variation Reveals a Repeat-Driven Expansion of the Human Genome.” Genome Research 13.3 (2003): 358-368.

39.  Ebersberger, I., et al . “Mapping Human Genetic Ancestry.” Molecular Biology and Evolution 24.10 (2007): 2266-2276.

40.  Anzai, T., et al . “Comparative sequencing of human and chimpanzee MHC class I regions unveils insertions/deletions as the major path to genomic divergence.” Proceedings of the National Academy of Sciences 100.13 (2003): 7708-7713.

  1. Thomas, J. W., et al . “Comparative analyses of multi-species sequences from targeted genomic regions.” Nature 424.6950 (2003): 788-793.

42.  Nielsen, Rasmus, et al .

43.  The Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium.

44.  The Chimpanzee Sequencing and Analysis Consortium.

  1. BLAST Web Portal .  http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi . Web. 6 Apr. 2014.

46.  Polyanovsky, Valery O, et al . “Comparative analysis of the quality of a global algorithm and a local algorithm for alignment of two sequences.” Algorithms for Molecular Biology 6.1 (2011): 25.

47.  Batzoglou, S . “The many faces of sequence alignment.” Briefings in Bioinformatics 6.1 (2005): 6-22.

48.  Carrillo, Humberto, and David Lipman . “The Multiple Sequence Alignment Problem in Biology.” SIAM Journal on Applied Mathematics 48.5 (1988): 1073.

49.  Doolittle, Russell F . “Searching through Sequence Databases.” Molecular evolution: computer analysis of protein and nucleic acid sequences . San Diego: Academic Press, 1990. 99-110.

50.  Morgulis, A., et al . “WindowMasker: window-based masker for sequenced genomes.” Bioinformatics 22.2 (2006): 134-141.

51.  Koning, A. P. Jason De, et al . “Repetitive Elements May Comprise Over Two-Thirds of the Human Genome.” PLoS Genetics 7.12 (2011): e1002384.

52.  Bucher, Etienne, et al . “Epigenetic control of transposon transcription and mobility in Arabidopsis.” Current Opinion in Plant Biology 15.5 (2012): 503-510.

53.  Varki, Ajit, and David L. Nelson . “Genomic Comparisons of Humans and Chimpanzees.” Annual Review of Anthropology 36.1 (2007): 191-209.

54.  Shapiro, James A., and Richard Von Sternberg . “Why repetitive DNA is essential to genome function.” Biological Reviews 80.2 (2005): 227-250.